Mplus 3 現在已經出現了，值得注意的是第3版提升Mplus軟體兩個主要的功能－使用簡單和一般性的模組化。Mplus 3 介紹許多獨一無二的特徵，包含在方程結構模型(structural equation modeling), growth modeling, mixture modeling, multilevel modeling，並結合這些模型化特徵。

Mplus 3 被分成一個基本的程式和三個可以增加在基本程式上的模組。Mplus基本程式藉著連續潛在被描述的因子和隨機效應，所產生的變數來估計模型。它提供了因子分析模型(factor analysis models)、路徑分析模型(path analysis models)、方程結構模型(SEM)和發展模型(growth models)。三個模組是a Mixture Add-On, a Multilevel Add-On, and a Combination Add-On。這樣的安排可以讓使用者彈性地選擇附加的模組來滿足她們分析的需要，購買基本程式後附加的模組可以在任何時候被購買。